Ограничения по вывозу валюты из Японии в Россию никак не связаны с вашим паспортом. Это и так следовало из формулировок правил таможни и подтверждалось практикой, но доброволец из чата запросил официальный комментарий у таможни и получил его (см. иллюстрацию).

Если гражданин России летит из Японии в третью страну (например, Таиланд) и не планирует после нее лететь в Россию или Северную Корею, то ограничения на него не распространяются. Действуют обычные правила: до 1 млн. иен можно вывозить без декларации, больше 1 млн. – с декларацией.

К слову, если вы после 15 сентября летели из Японии в Россию через Китай по раздельному бронированию разными авиакомпаниями, на вылете заявляли, что летите только в Китай, не показывали билет в Россию и таким образом обходили ограничения, расскажите об этом опыте в @wrenjapanchat!

Update: а вот тут рассказали и об опыте. Как я и думал, по такой схеме пропускают, но сильно давят и сто раз переспрашивают, точно ли не в Россию. Точно-точно?